Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan Kota Jayapura dibentuk berdasarkan Peraturan Walikota Jaypura Nomor 47 Tahun 2017 tentang Perubahan Atas Peraturan Walikota Jayapura Nomor 31 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas-Dinas Daerah, mempunyai tugas membantu Walikota dalam melaksanakan Urusan Pemerintah yang menjadi kewenangan daerah di Bidang Lingkungan Hidup.

Untuk menyelenggarakan tugas sebagaimana tersebut di atas, Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan Kota Jayapura mempunyai fungsi:

1. perumusan dan penetapan rencana kinerja dinas;
2. perumusan kebijakan oprasional pencagahan dan penaggulangan pencemaran, kerusakan lingkungan;
3. pengkoordinasian pelaksanaan pencegahan dan penanggulangan pencemaran lingkungan dan pemulihan kualitas lingkungan ; dan
4. pengembangan program kelembagaan dan peningkatan kapasitas pengendalian dampak lingkungan
5. pelaksanaan Sistem Pengendalian Intern (SPI);
6. pelaksanaan monitoring dan evaluasi atas pelaksanaan tugas;
7. penyusunan laporan pelaksanaan tugas; dan
8. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh atasan sesuai bidang tugasnya.