1. Kepala Dinas

2. Sekretaris membawahi :

a. Sub Bagian Umum dan Kepegawaiaan;

b. Sub Bagian Keuangan; dan

c. Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan.

3. Bidang Tata Lingkungan, membawahi :

a. Seksi Inventarisasi, RPPLH dan KLHS;

b. Seksi Kajian Dampak Lingkungan; dan

c. Seksi Pemeliharaan Lingkungan.

4. Bidang Pengelolaan Sampah dan Limbah B3, membawahi :

a. Seksi Penanganan,Pengurangan Sampah dan Limbah B3

b. Seksi Pembersihan Pengumpulan, Pengangkutan dan Pengolahan Sampah; dan

c. Seksi Perlengkapan Sarana Prasarana.

5. Bidang Pengendalian Pencemaran dan Kerusakan Lingkungan Hidup, membawahi :

a. Seksi Pemantauan Lingkungan;

b. Seksi Pencemaran Lingkungan; dan

c. Seksi Kerusakan Lingkungan.

6. Bidang Penataan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, membawahi :

a. Seksi Pengaduan dan Penyelesaian Sengketa;

b. Seksi Penegakan Hukum Lingkungan; dan

c. Seksi Peningkatan Kapasitas Lingkungan Hidup.

Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan dan Kebersihan Kota Jayapura juga mempunyai 3 (tiga) Unit Pelaksana Teknis Daerah, yaitu :

1. UPTD Laboratorium Lingkungan Hidup

2. UPTD Tempat Pemrosesan Akhir (TPA) Koya Koso

3. UPTD Bank Sampah Jayapura