1. Kepala Dinas
2. Sekretaris membawahi :
a. Sub Bagian Umum dan Kepegawaiaan;
b. Sub Bagian Keuangan; dan
c. Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan.
3. Bidang Tata Lingkungan, membawahi :
a. Seksi Inventarisasi, RPPLH dan KLHS;
b. Seksi Kajian Dampak Lingkungan; dan
c. Seksi Pemeliharaan Lingkungan.
4. Bidang Pengelolaan Sampah dan Limbah B3, membawahi :
a. Seksi Penanganan,Pengurangan Sampah dan Limbah B3
b. Seksi Pembersihan Pengumpulan, Pengangkutan dan Pengolahan Sampah; dan
c. Seksi Perlengkapan Sarana Prasarana.
5. Bidang Pengendalian Pencemaran dan Kerusakan Lingkungan Hidup, membawahi :
a. Seksi Pemantauan Lingkungan;
b. Seksi Pencemaran Lingkungan; dan
c. Seksi Kerusakan Lingkungan.
6. Bidang Penataan dan Peningkatan Kapasitas Lingkungan, membawahi :
a. Seksi Pengaduan dan Penyelesaian Sengketa;
b. Seksi Penegakan Hukum Lingkungan; dan
c. Seksi Peningkatan Kapasitas Lingkungan Hidup.
Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan dan Kebersihan Kota Jayapura juga mempunyai 3 (tiga) Unit Pelaksana Teknis Daerah, yaitu :
1. UPTD Laboratorium Lingkungan Hidup
2. UPTD Tempat Pemrosesan Akhir (TPA) Koya Koso
3. UPTD Bank Sampah Jayapura