Visi dan misi dari Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan Kota Jayapura merujuk pada visi dan misi Walikota Jayapura yang tertuang dalam Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) Tahun 2018- 2022 yaitu Terwujudnya Kota Jayapura yang beriman, bersatu, mandiri, sejahtera, dan modern berbasis kearifan lokal, yang dijabarkan melalui 8 (delapan) misi yaitu :

1. Meningkatkan kualitas hidup umat beragama.

2. Meningkatkan penataan kepemerintahan yang baik dengan dukungan kapasitas birokrasi yang profesional.

3. Membangun kota yang bersih, indah, aman dan nyaman.

4. Meningkatkan kualitas hidup dan sumber daya masyarakat.

5. Mengembangkan potensi kota sebagai kota jasa, perdagangan, pendidikan, pariwisata, dan utilitas kota yang berwawasan lingkungan.

6. Meningkatkan supremasi hukum dan kualitas demokrasi.

7. Memperkuat hak adat dan memberdayakan masyarakat adat dan kampung.

8. Mengejawantahkan nawacita dalam pembangunan daerah.