Visi dan misi dari Dinas Lingkungan Hidup dan Kebersihan Kota Jayapura merujuk pada visi dan misi Walikota Jayapura yang tertuang dalam Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) Tahun 2018- 2022 yaitu Terwujudnya Kota Jayapura yang beriman, bersatu, mandiri, sejahtera, dan modern berbasis kearifan lokal, yang dijabarkan melalui 8 (delapan) misi yaitu :
| No | Daftar Misi Pembangunan Kota Jayapura |
|---|---|
| 1 | Meningkatkan kualitas hidup umat beragama. |
| 2 | Meningkatkan penataan kepemerintahan yang baik dengan dukungan kapasitas birokrasi yang profesional. |
| 3 | Membangun kota yang bersih, indah, aman dan nyaman. |
| 4 | Meningkatkan kualitas hidup dan sumber daya masyarakat. |
| 5 | Mengembangkan potensi kota sebagai kota jasa, perdagangan, pendidikan, pariwisata, dan utilitas kota yang berwawasan lingkungan. |
| 6 | Meningkatkan supremasi hukum dan kualitas demokrasi. |
| 7 | Memperkuat hak adat dan memberdayakan masyarakat adat dan kampung. |
| 8 | Mengejawantahkan nawacita dalam pembangunan daerah. |